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Você pode usar a criptografia para diversas finalidades, um exemplo simples de uso é:
Não gravar campos de senha de usuários sem criptografia,
pois assim qualquer um que tenha acesso ao banco de dados poderá consultar as senhas dos usuários.

O MD5 é um algoritmo de criptografia que gera um hash code a partir de uma string dada.
Vamos ao exemplo usando Java

// Vamos utilizar BigInteger para armazenar o hash
import java.math.BigInteger;
// Classe que possui os métodos para criptografarmos   
import java.security.MessageDigest;   
// Classe responsável pela exception
import java.security.NoSuchAlgorithmException; 

public class Cripto{

 //Função que vai criar e retornar o hash public static String criptografar(String senha){

 // Cria uma variável de referencia a um objeto MessageDigest
 MessageDigest md = null; 
try {    //Instancia usando o algoritmo MD5
 md = MessageDigest.getInstance("MD5");   
 } catch (NoSuchAlgorithmException e) {   
 println(e);
 }
 //Cria o hash
 BigInteger hash = new BigInteger(1, md.digest(senha.getBytes()));   

 return hash.toString(16);
 }
 //Método de teste
 public static void main(String[] args) {

 //Imprime a palavra Madeiraaaaaaaa criptografada
 println("Cripto: " + criptografar("Madeiraaaaaaaa");
  }
}